警方为应付未确认生命体而开发了G3系统，这套G3系统是根据未确认生命体4号即幪面超人古迦的力量而设计出来，装着员是一位叫冰川诚的警员，为人真诚但略为粗犷。警方另一部门在荒岛上发现了古代文明，并进行解码。当未确认生命体再次出现，连G3也不是其对手时，神秘的金色幪面超人亚极陀登场，这个幪面超人是一位失忆的青年津上翔一变身，起初因未能控制而袭击G3。　　翔一暂住在美杉义彦的家，认识了拥有超能力的风谷真鱼，真鱼更帮助翔一四出寻找他失去的记忆，并遇上苇原凉。凉在父亲的遗物中，发现一本记事薄，当中提及之姓名却无人知晓，查探父亲死因後，竟发现自己是另一个幪面超人－矶烙使。矶烙使是不完整的亚极陀，所以当凉变身矶烙使後会出现後遗证。有次他相当危险，幸得因超古代文明遗传因子而诞生的青年所救。之後出现的未确认生命体也相继被翔一，凉以及诚所打败。　　後来，凉误会女朋友是被亚极陀所杀，造成矶烙使与亚极陀对峙的局面。又因亚极陀多次拯救G3，G3加入战团对付矶烙使。可惜G3联手亚极陀未敌矶烙使，警方有见及此更厉害的武器－G3-X。在G3-X和亚极陀合作下，未确认生命体虽然愈来愈厉害，但也被击倒。　　第三个幪面超人是由木野薰变身，他虽然会优先对付未确认生命体，但亦会对付矶烙使和亚极陀，因他认为世上有他就够了。後来他被强化了的矶烙使所败，又被凉所救而作出改变。　　原来谜的青年是远古使用闇力量的创造主，他今次派出水的精灵对付三个幪面超人及G3，起初四人不敌，但翔一打破恐惧，令亚极陀的力量再上一层，再合四人之力，将他打败。　　在警方和真鱼的调查下发现翔一的姐姐木雪菜也曾经变成亚极陀，而其他拥有超能力的人最终也会变成亚极陀，真鱼更发现她的父亲的死和亚极陀有关而疏离翔一。这时闇的创造主亲自出击，要收回翔一等的力量。更决定杀尽所有人类，以免有更多的亚极陀诞生。他派出风、地、水三精灵，翔一、凉和诚的最後一战在此展开。